1、农药污染
当前温室蔬菜大棚蔬菜品种相对单一，特别是冬暖式蔬菜大棚连年种植，蔬菜生产周期变短，特殊的田间小气候为病虫害浸染提供了有利条件，造成病虫害发生严重。有些菜农因缺乏规范科学使用农药的知识，或过分追求经济效益，违犯农药使用操作规程，不科学、超剂量使用农药，甚至使用国家明令禁止的高毒高残留农药，致使蔬菜产品农药残留超标，影响食品安全，危害人们的健康。
温室蔬菜大棚中的黄瓜
2、肥料污染
无机氮肥的过量施用是导致肥料污染的主要原因。据调查，在冬暖蔬菜大棚蔬菜生产中，氮肥的使用主要还是尿素等，长期大量施用氮肥，施用量超标均会造成土壤板结质量降低，土壤次生盐渍化，导致蔬菜产品中硝酸盐大量积累。特别是茎叶类蔬菜极宜吸收硝态氮，采收时期正是茎叶旺盛生长时期，也是根系旺盛吸收硝态氮的时期，体内的硝态氮来不及转化，便出现大量累积，这种累积虽利于植物本身，却严重危害人类健康。硝酸盐在人体内还原成亚硝酸盐后，如果累积量过多，可导致高铁血红蛋白症，引发高血压，甲状腺增生等，诱发消化系统癌变。据报道人体摄取的硝酸盐80%以上来自蔬菜，而我国居民消费量较大的几种主要蔬菜（叶菜、 根菜）的硝酸盐含量均已严重超标，高者超标9倍以上。减少氮肥施用量降低蔬菜硝酸盐含量，保护国民健康，已成为刻不容缓的大事。
3、激素和保鲜剂污染
许多菜农为了促进西红柿、辣椒、茄子、西葫芦等蔬菜的坐果和提前成熟上市，常使用名目繁多的保花保果剂和催熟剂，并且在有些蔬菜储存期间常使用保鲜剂，以延长保鲜期，常导致蔬菜残留物超标，风味品质明显下降，造成污染，危害健康。
4、农膜污染
农膜是最容易被菜农忽视的污染源。随着长期的保护地栽培及温室大棚蔬菜规模的扩大，大量的农膜碎片残留在土壤中，而农用残膜系高分子化合物聚乙烯或聚氯乙烯，属于难以降解的塑料，降解周期长。为增加农膜的工艺性，生产过程中加入了增塑剂等有毒有害成分，降解过程中会溶出有毒有害物质，长期在土壤中积累，形成“白色污染”。严重影响农事作业，也污染土壤，造成蔬菜污染，影响蔬菜生产及产品安全。
5、其他污染
工业废水、废渣和废气，含有害物质如二氧化硫、氟化氢、铅、铜、镉、砷、汞等。工业“三废”通过污染周围环境中的水、土壤和空气，从而污染蔬菜。从医院排出的污水及城镇生活污水及、活垃圾，含有各种细菌、病毒、寄生性蛔虫等，流入菜田后造成蔬菜污染。另外，有些菜贩在销售蔬菜过程中用污水浸泡和清洗蔬菜，导致蔬菜二次污染。
